Consejo, destapizar también los laterales y lo que te comenta navras, uno dentro y alguien que vaya rociando agua or fuera que seguro aparece la gotera.
Los pilotos llevan una única fijación (un tornillo) pero sólo dos pequeños agujeros, uno del tornillo y un recuadro por donde sale el cable, el piloto lleva la goma de contorno que debería asentar bien en la chapa plana del fondo del hueco de piloto, hay que asegurar que no haya deformación de chapa, la goma en buen estado (en el centro de zona inferior lleva el corte donde une extremos y puede dado el caso que cuele agua puede drenar por ahí), después está las juntas en las soldaduras de las chapas, la goma fuelle del paso de cables, la goma de portón y sus pilotos, sellado de luneta, etcétera.
Por último, que aunque raro puede pasar, si es berlina, es aparcar cuesta abajo pronunciado, el ángulo o rinconera donde el marco de portón cambia de bajar en ángulo a acercarse a la horizontal que hace el portón, según cómo queda el coche aparcado, pudiera aparecer una balsa en cada lado y tener más posibilidad de colar por un resquicio de la goma de portón al maletero antes de conseguir bajar por la zona del piloto.
Ojo que en caso de charcos en esos rincones (cuando el coche está muy inclinado cuesta abajo) aunque la goma de portón asiente bien en el portón un resquicio en la zona de encaje entre chapa y goma puede dejar pasar agua.
A ver si es cosa fácil.
Saludos